Butter zerlassen. Das Mehl darin unter Rühren anschwitzen. Mit Wein, Brühe und Milch ablöschen, aufkochen und 5 Min. bei milder Hitze kochen lassen, dabei umrühren. Schmelzkäse einrühren, mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss würzen.
Kohlrabis schälen, halbieren und in ½ cm dicke Scheiben schneiden. Kartoffeln schälen und in Scheiben schneiden. Kartoffeln und Kohlrabi zusammen in Salzwasser 5 Min. kochen, abschrecken, abtropfen lassen. Tomaten abtropfen lassen und vierteln.
Alle Zutaten in eine gefettete Auflaufform (40 cm lang) schichten. Das Ei verquirlen, mit etwas Sauce mischen und dann unter die Sauce ziehen. Die Sauce über dem Gemüse verteilen. Käse darüber streuen und im vorgeheizten Backofen bei 180 Grad (Gas 2 – 3, Umluft 160 Grad) auf der 2. Einschubleiste von unten 35 Min. backen. Mit Schnittlauchröllchen bestreut servieren.